按本论原科判，将全论开为四大部分，即“于此菩提道次第之引导分四：一、为明法源清净故，释作者之重要。二、为于教授生敬故，释法之重要。三、于具足二种重要之法，应如何听受讲说。四、如何是以正教授引导弟子之次第。”
在新编目录中，我将前三项作为“序论”，第四项作为“正论”。这一部分为全论核心，即宗大师建立的由学佛至成佛的完整修学体系，我称之为“套路”。所谓套路，是指开始到结束的操作程序，如太极拳的二十四式、四十八式。
佛典浩繁，对于大多数人来说，通读尚且困难，何况研修？故各宗修学皆有不同侧重，如格鲁派的修学主要围绕《现观庄严论》、《入中论》、《释量论》、《俱舍论》和《戒经》五部大论深入，此为三藏十二部纲要。而《菩提道次第论》又是五部大论的核心，如果能力有限，可集中精力于本论加功用行。
论中，宗大师为学人建构了清晰、完整而又简明的修学套路，告诉我们从走入佛门到成就佛果要经过哪些阶段，每一阶段又应完成哪些修学项目，每一项目的重点和操作规则分别是什么，等等，可谓修学大纲。
正论部分，以“道前基础”和“道次第”为主体架构。其中，“道前基础”又是为“道次第”服务的。若将“道前基础”比作建筑的地基，那么，“道次第”就如不同的楼层。论中，将下、中士道称为共下士道、共中士道，所以名之为“共”，也和楼房一样，比如第一和第二层，既是相对独立的空间，又是第三层的基础。
新编目录中，正论共分七章，分别是：依止善知识为入道根本、于有暇身劝受心要、共下士道修心次第、共中士道修心次第、上士道修心次第、止观、道次第之要义。
第一章 依止善知识为入道根本
依止法属于道前基础，在修学中具有重要地位。不仅学佛如此，世间法同样如此。以往，人们不论学文化还是习手艺，皆须拜师入门，由老师手把手地指点，这也是依止。学佛，比学习世间任何一门技术更精妙、更深邃，若无师长指点而能悟道证果者，极为罕见。所以说，在我们整个的修学阶段，每向前迈出一步，每获得一点成就，都离不开师长的引领。
僧格的完备是来自依止。出家，并非头一剃就万事大吉。事实上，要成为具足外在威仪和内在素质的僧宝，还要相当时间的磨练。律中规定，出家后必须“五年学戒，不离依止”。在哪位和尚座下受戒，即应随其学习戒律和威仪。若因和尚离世或其他因缘不能依止，则须另觅良师。在师长的指导和监督下，逐渐改变世俗行仪，造就如法的僧格。
正见的形成也来自依止。如果没有善知识开示正法，指点迷津，教导我们有次第地深入经藏，仅靠自己盲目摸索，很容易在浩瀚的佛法海洋中迷失方向。最后，往往走向两个极端，或是不得要领，或是偏执一端，这也是当今学人的通病。现代人崇尚独立，总以为不靠老师也能学好，这是非常危险的。因为凡夫的认识模式就有问题，不论自己觉得多么客观，其实还是走不出自以为是的认识范畴。
实修的体证更离不开依止。因为心灵世界极其复杂，所以，修习止观就如走进处处陷阱的迷宫，若无明眼人携手引领，我们对座中种种境界尚无分辨能力，更谈不上破迷开悟了。
因而，佛教特别注重善知识的作用。《增一阿含经》中，阿难言：“所谓善知识者，即是半梵行之人也。”佛陀立即纠正说：“勿作是言，言善知识者即是半梵行之人。所以然者？夫善知识之人，即是全梵行之人。”在我们断烦恼、开智慧、证解脱的修行过程中，善知识始终扮演着重要作用，故名全梵行。也就是说，我们的一切修行所得都离不开善知识。
第一节 选择善知识与修习依止法
于弟子身心中，但能生起一分功德，损减一分过失，以上一切安乐妙善之根本，皆由善知识教导之力，故于最初修依止法极为重要。
修依止法的意义主要体现为两点：其一，由对善知识的重视引发对法的恭敬。其二，由忆念善知识功德，而能成就自身功德。比如阅读高僧大德的传记，会激发内在的崇高品质，起到见贤思齐的励志作用。
“于弟子身心中，但能生起一分功德，损减一分过失，以上一切安乐妙善之根本，皆由善知识教导之力，故于最初修依止法极为重要。”安乐，包括现法乐和究竟涅槃之乐。在弟子心行中，如果能产生一分功德，或去除一分过失，总之，一切安乐生起的根本都来自善知识教导的作用。所以说，在学佛初期修习依止法，对整个修道过程都极为重要。
这段话从正反两方面阐述了善知识的重要性。因为修行无非就是增功德、减过失，无论从哪一方面来说，都离不开善知识的教导。那么，我们又该怎样如法依止呢？本论从所依善知识之相、能依弟子之相、依止之法、依止的胜利、不依止的过患、总明其义六个方面进行阐述。
一是所依善知识之相，即善知识必须具备哪些标准才能作为学人的依止。二是能依弟子之相，即作为弟子必须具备哪些素养才能有效学修。三是依止之法，即按照哪些步骤修习依止法。四是依止的胜利，即修习依止法的殊胜利益。五是不依止的过患，即不依止善知识对修学带来的过失。六是总明其义，就上述内容进行总结。
一、所依善知识之相
诸经论中就各各乘虽有多说，然此处所示，乃为须于三士道渐次接引而导至大乘佛地之善知识也。
《庄严经论》云：“知识须具戒、定、慧、德胜、精进、教富饶、通达真实、善说法、悲悯为体、断疲厌。”此谓为弟子者，须求得一具足十德之善知识而依止也。
若自未调伏而能调伏他者，无有是处。彼调御他人之师，先须自能调伏。若尔，云何以自调伏耶？倘随分修习，于身心有一分证德之名者，不能真实饶益于他。须随佛教总相，如戒定慧三学，以调伏身心。
首先，明确所依善知识的标准。学佛应当从修习依止法开始，但善知识又在哪里？如今，贴着“善知识”标签的人形形色色，真伪难辨，这就要求学人具备抉择的智慧。否则，或是错失良师，或是误入邪教，损失不可估量。《道次第》中，宗大师为我们指出了作为善知识应该具足的标准，帮助学人在寻师时作为对照。
“诸经论中就各各乘虽有多说，然此处所示，乃为须于三士道渐次接引而导至大乘佛地之善知识也。”佛法各宗经论中，对善知识有诸多标准。而本论所指的善知识具有特定内涵，即能按下、中、上三士道的修行，将我们由凡夫渐次导向无上佛果者。也就是说，有能力指导弟子完成整个成佛的修行，而不仅仅是教导弟子培植一点人天福报，或是引领弟子完成个人解脱的修行。因为从大乘佛教的角度来说，唯有无上佛果才是究竟圆满的。
“《庄严经论》云：知识须具戒、定、慧、德胜、精进、教富饶、通达真实、善说法、悲悯为体、断疲厌。”此处，引《庄严经论》说明善知识必须具备的十项标准，分别是：具足戒行、具足定力、具足智慧（具戒、定、慧）、学问德行超过弟子（德胜）、勇猛精进地化世导俗（精进）、具备丰富的教理素养（教富饶）、通达空性（通达真实）、说法善巧方便（善说法）、对求法者心怀慈悲（悲悯为体）、反复说法而不知厌倦（断疲厌）。
“此谓为弟子者，须求得一具足十德之善知识而依止也。”这是告诉我们，作为弟子应该寻找具备上述十项标准的善知识而依止。
“若自未调伏而能调伏他者，无有是处。”如果自己尚未调伏，尚且烦恼重重，却想要调伏他人，是绝对做不到的。调伏，即调伏身、口、意三业和眼、耳、鼻、舌、身、意六根，前者代表我们的一切行为，后者则是我们接触境界的六个渠道。我们的身口意所以会造作种种不善行，而六根在接触境界时所以会有烦恼现起，皆根源于内心的贪嗔痴三毒。所以说，关键是要调伏三毒烦恼，这才是扰乱身心安宁的病灶所在。
“彼调御他人之师，先须自能调伏。”作为帮助他人调整心行的善知识，首先必须具备调伏自心的能力。在佛陀十大名号中，也有一个叫做“调御丈夫”。因为佛陀已断除自身所有烦恼，具足无量智慧和方便善巧，堪能调伏一切有缘众生。所以，调伏包含着调伏自心和调伏众生两部分。善知识的十项标准中，有六项为调伏自己的功德，四项为调伏他人的功德。
“若尔，云何以自调伏耶？倘随分修习，于身心有一分证德之名者，不能真实饶益于他。须随佛教总相，如戒定慧三学，以调伏身心。”那么，善知识应该怎样调伏自心？如果只是片面地修习某一法，在身心中有些许修证功德，是没有资格引导他人，乃至给他人带去真实利益的。作为善知识，应该根据佛法修学的总相，也就是戒、定、慧三无漏学来调伏身心，这才是完整的修学内容。如果偏重其一，将无法为自他双方带去长久的真实利益。
对于修学者来说，一旦确定依止师，就要以身口意三业恭敬承事，依教奉行。所以，之前的抉择极为重要，因为这是关系到我们法身慧命的大事。与此同时，我们还应注意择师的心态。作为凡夫，我们显然没有能力对善知识的功德和证量进行“考核”，更不能对此妄加评判，造作口业。我们所能做的，只是就经论提出的标准进行对照，然后选择自己有信心依止的师长。
下面，分别对十项标准进行解释。
1．具 戒
彼调伏者，即是戒学。如《别解脱经》云：“心马难制止，勇决恒相续，别解脱如衔，有百针极利。”当如调马之师，以坚利之衔勒，调伏根随邪境。如调野马，制伏其所不应行，于应行处努力进趋。由学此戒，则能调心。
作为善知识，应该具备持戒的德行。因为戒是佛法一切修行的共同基础，因为有戒规范身心，依戒止恶行善，我们才能进一步得定、发慧。
“彼调伏者，即是戒学。”能够调伏身口意三业，使之不再作恶，正是戒律的作用。虽然戒定慧都具有调伏的功能，但戒为三学之首，是代表有情调伏无始以来串习的开端，所以说调伏者即是戒学。
“如《别解脱经》云。”《别解脱经》，指声闻乘的戒律，称为别解脱戒。别解脱戒的内容侧重于止息不善的行为，如不杀生、不偷盗、不邪淫、不妄语等。表面看，戒只是止息不善行为；实质上，它所制止的是我们无始以来的烦恼相续。所有的不善行，都来自贪嗔痴的串习。这些烦恼的惯性，使我们不断造作恶业。持戒，关键是止息烦恼的相续，这才是一切恶行的始作俑者。因为持戒使我们的行为与解脱相应，所以戒律又称为别解脱。
“心马难制止，勇决恒相续，别解脱如衔，有百针极利。”衔，马嚼子。此处，引《别解脱经》的偈颂说明：凡夫的串习如野马般桀骜不驯，难以制止；其相续之力，又如堤坝决口，一泄千里。而戒律的作用，好比有着数以百计尖利铁针的马嚼子。再烈的野马一旦套上它，也会乖乖地听从主人指挥。
“当如调马之师，以坚利之衔勒，调伏根随邪境。”勒，套在牲畜上带帽子的笼头。根随邪境，即六根随不良境界而转。对待妄想纷飞的心，我们应当像善于调马的驯者那样，以坚固锋利的衔勒来制伏它，使六根得到有效控制，以免它们随不良境界而转。凡夫为无明所惑，当六根接触色、声、香、味、触、法六尘后，会本能地随个人好恶生起贪嗔之心。如果没有正念把关，就会因此起惑造业。所以，我们必须以戒律约束自身行为，制止烦恼的继续扩张。念头初生之时，就像种子一样微小，但若任其发展，为之创造成长因缘，种子就会不断壮大。一旦成为参天大树，砍伐起来就是一项艰巨任务了。当我们生起贪心时，有时明知贪欲有极大过患，却依然难以自制，原因就在于它的力量已被培养得太大，使我们无法与其抗衡。反之，在种子萌芽时就拔除它，或不给它继续生长的机会，烦恼就能得到有效制止。
“如调野马，制伏其所不应行，于应行处努力进趋。由学此戒，则能调心。”不应行，追逐不良境界。应行，依戒如理而行。就像制伏野马那样，对一切不正当行为及时予以制止，并努力实践一切正行。这样学修并受持戒律，才能起到调心的作用。
以上，说明了戒律的作用，这是善知识必须具备的首要德行。但我们也要知道，仅以戒律调心，力量仍比较薄弱。因为贪嗔痴形成的串习太强大了。一些修行人虽持戒多年，但因为没有定力对抗外境干扰，又无智慧照破当下境界，只是强行约束自己，内心难免苦恼挣扎。这样的持戒，仍是不得自在。因而，真正调伏内心，还须依靠定慧之力。
２．具 定
具定者，谓于善恶行之止作，依于正念正知，心内寂住，定学随生。
定，就是将心专注于某一境界，使之稳定安住。
“具定者，谓于善恶行之止作，依于正念正知。”定的修习，是要选择一个善所缘境，远离不善行为，在此基础上，修习正念正知。正念，是依善所缘境而建立，同时还要不断忆念善所缘境。正知，是了知善和非善，从而正确抉择善的所缘，并对此保持觉知的作用。《入行论》说：依于正念，正知方能产生。
“心内寂住，定学随生。”随着正念正知力量的强大，妄想越来越弱，心便能安住于善所缘境，禅定也就由此生起。干扰定的力量，主要是昏沉和掉举（散乱）。通常，人们的心就在两者间摇摆不定。所以如此，因为心有种种频道，它们发出的信号时时在抢占领地。哪个信号占上风，就会取得暂时的主宰权，使我们时而想做这个，时而想做那个，心猿意马，颠倒狂乱。这种情况不仅在家人有之，出家人亦有之。学教修法不能一门深入，乃至不能安心在一个道场常住，都是缺乏定力的表现。
３．具 慧
具慧者，谓依于止，观察真谛，净慧即发。
此处所说的慧，特指般若空慧，是彻见一切事物真相的究竟智慧。
“具慧者，谓依于止，观察真谛，净慧即发。”真谛，即诸法实相。净慧，慧通善、恶、无记三性，净慧就是正见、正慧，属善法所摄。具足慧的功德，要以定为基础。依禅定力平息内心妄念，将正见转化为禅观，便能引发般若智慧。
具备戒定慧三德，才能彻底调伏烦恼。戒的意义，在于止息贪嗔痴的扩张；定的作用，则是降伏贪嗔痴的作用；慧的开发，乃能究竟铲除贪嗔痴的根源。三者虽然都具调伏作用，程度却大不相同。如果说持戒可以将烦恼贼缚住，那么得定就可降伏之，发慧才能将其彻底消灭。
戒定慧三无漏学乃修学常道，无论声闻乘、菩萨乘皆不例外。本论作者及传承宗师也极为重视这一传统，《菩提道炬论》即以戒定慧建构修学体系。本论开篇阐述阿底峡尊者证德时，也由此进行说明；抉择善知识的成就，同样是以戒定慧进行衡量。